上海浦东慈善医院是由上海市浦东新区人民政府于2002年1月发起建立。慈善医院的领导班子由浦东新区社会发展局直接任命，行政上接受浦东新区社会发展局的领导。

　　慈善医院的资金及药品来源主要依靠社会捐助。依照《中华人民共和国公益事业捐赠法》的规定，企业或个人捐赠财产用于公益事业，可享受企业所得税或个人所得税方面的优惠。所有来慈善医院捐赠的单位或个人，都将得到由上海市安济医疗救助基金会统一开出的捐赠收据。

　　上海浦东慈善医院目前采取"两块牌子，一套人马"的办法，依托浦东洋泾社区卫生服务中心的建筑设备和医务人员为弱势人群提供免费医疗服务。慈善医院独立的财务系统确保了慈善捐赠收入和慈善医疗支出完全公开化，保证对捐赠人的透明度。